Los cursos fluviales pueden ser muy diferentes dependiendo de su anchura, profundidad del cauce, altitud a la que se encuentren y vegetación asociada. En los cursos permanentes aparecen alisos, fresnos, chopos y sauces, mientras que en los cursos estacionales, casi siempre secos en el estío, predominan especies adaptadas a la falta de agua como la adelfa y el tamujo.
Las principales aves asociadas a la vegetación ribereña son ruiseñor común, zarcero común, petirrojo, curruca capirotada, pájaro moscón, oropéndola y escribano soteño. También de hábitos nocturnos como el chotacabras pardo. Y en los ríos de norte de la región mirlo acuático y lavanderas cascadeña y blanca, esta última, mucho más extendida por todas las zonas húmedas de la región. En los cauces con abundante vegetación emergente nidifican pequeñas aves como carricero común, carricero tordal o ruiseñor bastardo, incluso exóticas como bengalí rojo o pico de coral. Cuando esta vegetación ocupa grandes superficies, aparecen poblaciones de garza imperial, avetorillo, rascón o incluso especies más infrecuentes como calamón o buscarla unicolor. Hay importantes colonias de garzas en los árboles de las riberas, algunas con miles de aves, donde nidifican conjuntamente garcilla bueyera, garceta común, garza real, martinete, cigüeña blanca y ocasionalmente garcilla cangrejera y espátula. Y en los cortados arenosos de las orillas martín pescador y colonias de avión zapador y abejaruco, cuyos huecos son aprovechados a veces por carraca o gorrión chillón.
Entre las ZEPA que incluyen cursos fluviales merece destacar Azud de Badajoz; Embalse de Montijo; Río y pinares del Tiétar, Riveros del Almonte y Vegas del Ruecas, Cubilar y Moheda Alta.
