Los ríos Tajo y Guadiana se encuentran embalsados en buena parte a su paso por Extremadura. Además, la escasez de agua en los meses estivales, ha propiciado la construcción de pequeños embalses y charcas; de hecho, Extremadura es la región española con más costa interior.
En las islas de estos embalses aparecen colonias reproductoras de charrancito, pagaza piconegra, canastera, cigüeñuela, chorlitejo chico y ocasionalmente charrán común. El cormorán grande ha comenzado a nidificar también. En los muros de las presas suele observarse avión roquero y en ocasiones roquero solitario, collalba negra o escribano montesino. En las charcas con vegetación flotante nidifican zampullín chico, somormujo lavanco, focha común y en ocasiones fumarel cariblanco y avefría. Y entre las anátidas ánade friso, cuchara común y puntualmente pato colorado y porrón común. Las aves acuáticas aumentan en invierno, con poblaciones destacadas de ánades real, rabudo, silbón y friso; cuchara común; porrones común y moñudo, cerceta común y pato colorado. La invernada de somormujo lavanco y zampullines chico y cuellinegro llegar a ser relevante en algunos lugares. También hay dormideros de grulla común, gaviotas y cormorán grande. Durante sus migraciones, la cigüeña negra se concentra aquí en grandes bandos y puede verse con regularidad águila pescadora. Entre las ZEPA con embalses y charcas destacan Embalse de Orellana y Sierra de Pela; Llanos de Zorita y Embalse de Sierra Brava; Embalse de los Canchales; Embalse de Montijo; Embalse de La Serena; Embalse de Arrocampo; Embalse de Brozas; Embalse de Borbollón; Embalse de Alcántara; Embalse de Talaván; Embalse de Valdecañas; Embalse de Valuengo; Embalse de Gabriel y Galán; Embalse de Vegas Altas; Llanos y Complejo Lagunar de La Albuera, Complejo Lagunar Egido Nuevo y Charca de la Dehesa Boyal de Navalmoral.
